一 清單預(yù)錄入 　　"清單預(yù)錄入"包括三個部分：出口清單錄入，進口清單錄入，清單查詢。
　　加工貿(mào)易企業(yè)在脫機版中錄入清單數(shù)據(jù)，并可對清單狀態(tài)進行查詢。
　　企業(yè)在錄入清單之前，必須在聯(lián)機版"數(shù)據(jù)交換"模塊中的"手冊下載"，下載本企業(yè)的手冊、帳冊數(shù)據(jù)到本地。錄入完成的清單保存在本地數(shù)據(jù)庫中，待申報。
　　加工貿(mào)易企業(yè)在"清單查詢"模塊中，可以對所有自己錄入的、已申報或未申報的清單進行查詢。
　　二 平文件導(dǎo)入
　　部分聯(lián)網(wǎng)加工貿(mào)易企業(yè)已有成熟的錄入系統(tǒng)，為滿足雙方需求，系統(tǒng)另設(shè)置了一個平文件作為雙方數(shù)據(jù)交換的中介。
　　聯(lián)網(wǎng)企業(yè)將錄入已有系統(tǒng)的數(shù)據(jù)按照既定格式導(dǎo)出到平文件中，然后在公路口岸預(yù)錄入界面點擊"導(dǎo)入"，就將這些數(shù)據(jù)導(dǎo)入到電子口岸的"清單預(yù)錄入"系統(tǒng)中。雙方以此完成了數(shù)據(jù)交換，而免去了兩次的錄入。
　　三 數(shù)據(jù)交換
　　數(shù)據(jù)申報包括：手冊下載、清單申報。
　　手冊下載提供給加工貿(mào)易企業(yè)下載手冊、帳冊數(shù)據(jù)的功能。
　　加工貿(mào)易企業(yè)完成清單錄入后，登錄電子口岸，在線申報清單數(shù)據(jù)。
　　電子口岸對數(shù)據(jù)進行邏輯校驗通過后，發(fā)送到海關(guān)進行二次校驗，海關(guān)校驗通過后，即發(fā)送審結(jié)回執(zhí)給加工貿(mào)易企業(yè)。此時，企業(yè)才可以進行下一步的貨運委托的操作。
　　四 貨運委托
　　貨運委托提供了加工貿(mào)易企業(yè)將清單委托給運輸公司的功能。
　　加工貿(mào)易企業(yè)申報的清單經(jīng)海關(guān)審結(jié)通過后，進入到"貨運委托"進行貨運的委托。界面列表顯示所有海關(guān)已審結(jié)而未委托的清單。加工貿(mào)易企業(yè)選擇要委托的清單，并指定運輸公司（經(jīng)海關(guān)備案），執(zhí)行申報。
　　貨運委托申報到電子口岸，口岸邏輯檢查無誤通過，即完成"貨運委托"的申報。此過程海關(guān)并不參與校驗。
　　五 取消委托
　　加工貿(mào)易企業(yè)可以對已經(jīng)施行了委托但運輸公司尚未進行承運確認的清單進行"取消委托"的操作。
　　加工企業(yè)憑卡進入到"取消委托"界面，系統(tǒng)自動讀取卡的相關(guān)數(shù)據(jù)，并列表顯?"已經(jīng)委托給運輸公司、但運輸公司尚未對確認關(guān)系予以申報"的清單。企業(yè)選擇要取消委托的清單，執(zhí)行"取消委托"命令，即完成操作。
　　"取消委托"同樣只報電子口岸通過，海關(guān)并不參與。
　　六 承運確認
　　運輸公司通過"承運確認"來確認與加工貿(mào)易企業(yè)的承運關(guān)系，關(guān)系的最終有效成立需要得到海關(guān)的審結(jié)。
　　當運輸公司憑卡登錄到電子口岸公路口岸系統(tǒng)，進入到"承運確認"后，系統(tǒng)自動識別IC卡信息，并列表顯示所有委托給該運輸企業(yè)的清單。運輸企業(yè)參考清單安排指定車輛，并申報至海關(guān)，海關(guān)審結(jié)后，就確定了清單與運輸工具的承運關(guān)系。
　　該承運關(guān)系有效期為5天。5天內(nèi)，運輸工具到達海關(guān)現(xiàn)場，系統(tǒng)通過電子車牌讀取運輸工具及其捆綁的清單信息，通過則自動放行。超過有效期，則此承運關(guān)系自動解除。
　　七 解除捆綁
　　除系統(tǒng)自動解除捆綁關(guān)系外，在特殊情況下，承運人也可自主要求解除捆綁關(guān)系。"解除捆綁"就提供給承運人這樣的功能。
　　承運人要解除海關(guān)已審結(jié)的捆綁關(guān)系，必須在"解除捆綁"中發(fā)出請求，報海關(guān)審核。
　　八 回執(zhí)查詢
　　回執(zhí)查詢分別提供給加工企業(yè)查詢清單狀態(tài)、運輸企業(yè)查詢運輸工具狀態(tài)的功能。
　　企業(yè)可按狀態(tài)查詢，也可按清單號、運輸工具編號進行查詢。
　　通過查詢，企業(yè)可以得知清單或運輸工具的最新狀態(tài)，以便繼續(xù)下一步的工作。