第一大瓶頸是中小物流企業的信息化程度很低。主要原因是大多數系統的成本較高，而中小企業的起點很低，市場上缺少適合中小企業起步的信息系統。而多數開發商認為，物流信息系統市場在低端不具備開發價值。  
    第二大瓶頸是我國物流信息化缺乏擁有自主知識產權的信息系統。目前國內的研發能力與國際同行還存在一定差距，物流信息系統的標準較為混亂，不成體系，難以實現互聯互通和信息共享。當今中國相對成功的電子商務網站僅完成了信息發布和網上議價過程，而針對生產、倉儲、運輸、支付等相關物流范疇的網絡信息建設，卻極為滯后。對物流而言，價格確定畢竟不是結束，而是開始。誰解決了網上物流、傳統物流和網上交易三者之間的協調配合，誰就將成為未來網絡經濟的真正主導者。  
    第三大瓶頸是軟件開發商難以贏利。物流軟件是管理軟件，需求的個性化和生產的批量化難以統一，因此造成開發成本極高。解決這個問題的關鍵是如何規范信息技術和開發的模式，加強咨詢服務，以滿足企業個性化需求。雖然"網絡物流"軟件設計的進入門檻很高，但是一旦進入，獲利空間是非常大的。  
    第四大瓶頸是提供基礎信息和公共服務的平臺發展緩慢。GPS（全球衛星定位系統）、GIS（地理信息系統）技術服務在大型企業的應用為23％，在大型物流企業的應用僅為12.5％，在中小企業基本是空白。基礎技術服務應用比例過少，整個行業的整合就相對困難。  
    第五大瓶頸是物流信息化發展戰略暫屬空白。我國的物流信息化發展還需要一個培養人才、培養需求、培養管理技術的過程，但多數系統開發商缺乏戰略眼光，未提出我國物流信息化長期發展的戰略目標。