2007年1月，廣西與越南諒山兩區(qū)省商務(wù)部門共同簽署了《中國廣西壯族自治區(qū)與越南諒山省建立中越邊境跨境經(jīng)濟合作區(qū)合作備忘錄》，提出在雙方接壤地區(qū)各劃出8.5平方公里，共同建設(shè)中越跨境經(jīng)濟合作區(qū)的設(shè)想。該項目引起社會各界的廣泛關(guān)注，得到了聯(lián)合國開發(fā)計劃署駐華代表處、中國國家商務(wù)部、海關(guān)總署、廣西區(qū)政府的重視和支持。2007年2月初，聯(lián)合國開發(fā)計劃署把該項目列為扶持邊境地區(qū)經(jīng)貿(mào)合作試驗項目，給予75萬美元的前期工作經(jīng)費支持；同年10月29日的第四屆中國-東盟博覽會上，聯(lián)合國聯(lián)合開發(fā)計劃署駐華代表處啟動了“援助中國-越南跨境經(jīng)濟合作區(qū)項目”，使項目建設(shè)進入了實質(zhì)性推進階段。2007年廣西區(qū)政府提出設(shè)立廣西憑祥綜合保稅區(qū)，作為中越邊境跨境經(jīng)濟合作區(qū)中方項目區(qū)的先行區(qū)先期啟動。 
　　廣西憑祥綜合保稅區(qū)為海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域，實施海關(guān)二線監(jiān)管，實行一次規(guī)劃、分期推進、全封閉、區(qū)內(nèi)功能分工、明確界線、卡口分流的封關(guān)運作監(jiān)管模式，其功能定位為保稅加工、保稅物流和國際貿(mào)易等。
　　在各級各部門的高度重視和大力支持下，廣西憑祥綜合保稅區(qū)項目各項工作有條不紊地推進。2007年8月，廣西區(qū)政府已將該項目中方項目區(qū)以海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)項目上報國務(wù)院；2008年1月，國務(wù)院批準(zhǔn)實施《廣西北部灣經(jīng)濟區(qū)發(fā)展規(guī)劃》，憑祥綜合保稅區(qū)是《規(guī)劃》功能組團中的重要組成部分；目前包括海關(guān)總署在內(nèi)的國家10部委都一致原則同意在廣西設(shè)立憑祥邊境綜合保稅區(qū)，并明確表態(tài)給予大力支持，綜合保稅區(qū)的申報審批文件正在會簽中，估計今年10月會得到國務(wù)院的正式批準(zhǔn)。目前，綜合保稅區(qū)的總體規(guī)劃、土地利用規(guī)劃和控制性詳細規(guī)劃編制已經(jīng)完成并通過評審。保稅區(qū)的功能布局規(guī)劃設(shè)計、用地征地前期工作、地質(zhì)災(zāi)害評估、環(huán)境影響評估、搭建融資平臺、重點產(chǎn)業(yè)、重點項目的招商引資、“三通一平”基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的準(zhǔn)備等各項前期工作都在同步推進中。截至2008年7月底，區(qū)域內(nèi)已通過地方政府和社會融資等方式完成基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)和配套設(shè)施建設(shè)投資12億多元，其中國際貿(mào)易區(qū)域完成投資6億多元；保稅物流區(qū)域完成投資6.52億元。目前，綜合保稅區(qū)已引進了家具加工、服裝加工、電子產(chǎn)品組裝等進出口加工項目。