在學習實踐科學發展觀活動中，綜合開發研究院（中國·深圳）組織專家學者深入企業開展調研，為政府和企業應對金融危機積極發揮智庫作用，受到廣泛好評。 
  ２００８年下半年以來，全球金融風暴愈演愈烈，對外依賴程度較高的深圳經濟面臨著極其嚴峻的形勢和前所未有的挑戰。為了摸清當前金融危機下深圳企業的發展狀況，供市委、市政府決策參考，綜合開發研究院課題組于２００８年底有選擇地抽取了２００多家企業，召開１２場座談會，發放２００余份調查問卷（回收１６２份有效問卷），在充分調研的基礎上撰寫了《金融危機下的深圳企業發展狀況調研報告》。
  報告從我市行業受影響程度，市場銷售受影響的現狀及預期，外貿出口、企業訂單的情況，企業資金面臨的困難，企業的發展信心，企業期待政府出臺的扶持政策及企業的自救措施等八個方面進行了認真分析，并提出了四項建議：一是大力發展“總部經濟、品牌經濟”，推動“三來一補”企業轉型升級，積極引導深圳企業轉變商業模式，開拓和擴大國內市場銷售；二是重視投資和消費拉動作用，促進深圳經濟發展結構的調整；三是進一步主動服務企業，從改善社會治安環境、加快出口退稅、建立內銷網絡、解決資金困難等方面幫助企業開拓市場、擴大銷售，樹立發展的信心；四是利用金融危機所帶來的機遇，推動舊城區、舊工業區改造，推動寶安區和龍崗區的基礎設施改造，為深圳下一步的經濟社會發展奠定基礎。 
  受金融危機沖擊，２００８年深圳部分交通物流企業的業務量、營業收入、利潤大幅下滑，同樣面臨著嚴峻的形勢和挑戰。為了有的放矢地扶持深圳交通物流產業的發展，市交通局和綜合開發研究院組成聯合課題組，于２００９年２月召開８次交通物流企業座談會，回收有效調查問卷１００份。課題組經過分析研究，形成了《全球金融危機下深圳市交通物流產業發展狀況調查報告》。該報告分析了金融危機下物流企業面臨的訂單急劇大幅減少，貨源供給不足、稅費過高、勞動力成本上升，以及油價、地價等資源成本波動等三大類困難，詳細列舉了企業希望政府采取扶持措施的排序要求，供政府決策參考，同時還提出５條建議，供企業采取應對措施時參考。 
  綜合開發研究院還承接和參與了編制《深圳市生物產業發展規劃（２００９－２０１２年）》、《深圳市互聯網產業發展規劃（２００９－２０１２年）》以及多個深圳市２００９年重大研究課題。
  隨著我市第二批學習實踐科學發展觀活動的穩步推進，綜合開發研究院黨政領導班子將以深圳推進綜合配套改革為契機，進一步把握機遇，尋找差距，邊查邊改，完善內部管理，健全體制機制，抓黨建、促發展，繼續發揮新型智庫的作用。